所蔵数約2万枚。一か所に集まった資料数としては、日本国内で有数。旧大日本帝国陸軍参謀本部・陸地測量部・海軍水路部が、第二次世界大戦前に作成・複製・編纂した地図です。　地図・資料室ではそれを地域別に整理し、保管しています。

ソ連軍参謀本部軍事測量局がソ連の地図作成の最高機関である測地地図作成総局との協力のもとに作成した全世界を対象とする地形図で、1991年のソ連解体を契機として国際市場に出たものが収集されました。ロシア、カザフスタン、クルグズ（キルギス）、タジキスタン、ウズベキスタン、トルクメニスタン、アフガニスタン、イラン、トルコ、イラク、シリア、ヨルダン、レバノン、イスラエル、サウディアラビア、クウェート、カタル（バハレーン）、アラブ首長国連邦、オマーン、イエメンの２０万分の1の地図を中心に約3000枚のシート地図を所蔵しています。

外邦図、旧ソ連軍地形図を除く約2万5千枚の地図で、地勢図、地形図、地質図、土地利用図、植生図、行政地図、道路地図などがあります。

東南アジア、日本、満州、台湾、朝鮮などの地形図、鉱産図、植生図などがあります。所蔵数は約50本で、そのうち約半数は旧農林地質学研究室（京都大学理学部）で所蔵されていたものです。

Williams-Hunt Collection、国土地理院発行の日本国内の空中写真（昭和49年～53年）、ラオス、インドネシアの空中写真など、約1万葉を所蔵しています。
【Williams-Hunt Collection】
第二次世界大戦中または直後にPeter Williams-Hunt氏が撮影、収集し、後にロンドン大学東洋アフリカ研究所のElizabeth Moore博士が整理した空中写真コレクションです。対象はカンボジア（アンコールワット）、タイ、ミャンマー、マレーシア、シンガポールなどにおよび、当研究所はコレクション全体の約5,800葉のうち4,974葉を所蔵しています。以上の写真は2012年にデジタル化を終えています。

同コレクションの空中写真についてはSurat LERTLUM博士により開設されたデジタルアーカイブが存在し、Chulachomklao Royal Military Academy（タイ）、京都大学東南アジア地域研究研究所（日本）、ロンドン大学School of Oriental and African Studies（英国）、UNINET（タイ）の共同プロジェクトGeo-Spatial Digital Archive Projectのウェブページ上で閲覧できます。

ハワイ大学のEast West Center で、テリー・ランボー博士を中心に集められたHuman Ecologyに関する約5,600点の学術資料ファイルです。内容は、学会の要旨集、雑誌の切り抜き、論文別刷り、（不）定期刊行物資料など、図書館で収集・保存・閲覧が困難な資料群であり、2000年に本研究所に移管されました。その後、Agro-forestry File、Watershed Fileが加わり、現在合計で約8,400点の資料ファイルがHuman Ecology Files として所蔵、管理されています。資料ファイルの詳細につきましては、下記をご参照下さい。
Human Ecology Files 2009年版
Excel 2009(1.77MB)